Juan Manuel Medina comenzó a jugar para los blanquiazules en 1969, un año después de que el equipo ascendiera.
Su calidad con Pachuca logró que el entonces Director Técnico de la selección, Ing. Javier De La Torre, lo convocara.
Debutó en un amistoso ante la URSS en el Estadio Jalisco, sólo jugando medio tiempo, a partir de ahí sus llamados fueron constantes hasta su fallecimiento. Sumó 1042 minutos, jugando amistosos, CONCACAF y la primer fase de eliminatorias rumbo a Alemania 74, en donde la selección no consiguió clasificar.
En la temporada 72-73 fue vendido a Cruz Azul.
Falleció a los 28 años de edad en un accidente automovilístico el 29 de marzo de 1973. Regresaba de un bautizo por la carretera federal a Pachuca.
Era Zurdo, jugaba como volante.
Murió cuando regresaba a Pachuca, un camión arrolló el auto en el que viajaba.